私は，今年（1999年）初めて知ったのですが，src.tex を 申請期間中にバージョンアップする（変更を加える）ことは 基本的にまずないと考えてよいようです．
つまり，新しいバージョンが出たときには，作成済みの調書 （src.tex）をまた一から作成しなおす必要はない（と言って構わ ないでしょう）と言う事のようです． 通常は，作成済みの調書をそのまま使用することができます．
ただし，1999年度（「特定研究」の「外国旅費」）のように 本省からの通達がマクロ配布後であったりするような場合には， 修正を必要とすることもありますが，その際にも 「readme.1st」に記述されるはずですので， バージョンアップの際には必ずこれらのファイルには 目を通すようにして下さい．