multicol.sty から関係ありそうな部分を抜き出してみました．
使用方法は，以下の通りです．
まず，src.tex の最後を以下のようにします．
% 頁出力コマンド \input dangumi \columnsep=10mm % <--- 段落間のすき間 \columnseprule=0pt % <--- 段落間に引く罫線の太さ \OutputPages
次に，研究目的欄，研究計画・方法欄に以下のように書いて下さい．
ただし，基盤A・B（一般）の「研究計画・方法」のように
複数ページに渡るような欄では，
次のページは段落でしか始めることができません．
つまり，段落の途中で次のページに移るようにはなっていませんので，
ご自身で，次ページの最初になる段落の前に「\二段組」コマンドを
書き込んで使用して下さい．
\二段組 あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよ \二段組終わり \三段組 あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん \三段組終わり \二段組 あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ あいうえおかきくけこさしすせそたちつてとなにぬねの はひふへほまみむめもやいゆえよらりるれろわをん がぎぐげござじずぜぞだぢづでどばびぶべぼぱぴぷぺぽ \二段組終わり
概念としては以下のように 2 つの minipage 環境で実現するもの．
\mbox{}\hfill
\begin{minipage}[t]{0.4\textwidth}
左側の内容
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.4\textwidth}
右側の内容
\end{minipage}
\hfill\mbox{}
しかし，左側と右側の文章を分けるのはメンテナンス性がよくないので，
もし環境1つで二段組になるような方法があれば，具体的に教えて頂ければ嬉しいです．